Stavebním řízením se zabývají stavební úřady. Ty mají většinou informační středisko a tři oddělení: oddělení územního řízení, oddělení stavebního řízení a oddělení vyvlastňovacího úřadu, deliktů a státního dozoru.

Oddělení územního řízení vydává územní rozhodnutí o umístění stavby nebo zařízení, o změně využití území, o změně stavby, o oddělení či scelování pozemků a o ochranném pásmu. Zabývá se také zjednodušeným územním řízením, územním souhlasem a posuzuje vliv stavby na životní prostředí. Oddělení stavebního řízení řídí povolování a ohlášení staveb, terénních úprav, udržovacích prací, změny staveb před jejich dokončením, kolaudační souhlasy, zkušební provozy, změny v užívání staveb, odstraňování staveb aj.

Stavební úřady mají povinnost spolupracovat s dotčenými orgány státní správy, mezi které patří Hasičský záchranný sbor, hygienické stanice, odbory dopravy, odbory ochrany životního prostředí a památkové péče, dopravní inspektoráty a další. Nadřízeným orgánem stavebního úřadu je Krajský úřad, odbor regionálního rozvoje, územního plánování, stavebního řádu a investic.

Stavební řízení je správní řízení, které je nutné absolvovat k vydání stavebního povolení. Začíná podáním žádosti o stavební povolení u příslušného stavebního úřadu. Nejdříve je ale samozřejmé mít vypracovaný projekt stavby. Mezi účastníky stavebního řízení patří stavebník, dále osoby, které mají vlastnická nebo jiná práva k pozemkům a stavbám na nich, osoby, které mají vlastnická nebo jiná práva k sousedním pozemkům a stavbám na nich, a tato práva mohou být stavebním povolením přímo dotčena. Pokud se staví svépomocí, je účastníkem stavebního řízení také osoba, která bude na návrh stavebníka realizaci stavby odborně vést či bude vykonávat odborný dozor. K účastníkům stavebního řízení určitě nepatří nájemci bytu nebo nebytových prostor.

Začátek stavebního řízení oznámí stavební úřad příslušným orgánům státní správy a všem účastníkům tohoto řízení. Dále se koná ústní jednání s místním šetřením. Účastníci stavebního řízení mohou uplatnit své námitky právě při tomto ústním jednání. Později už k nim nebude přihlédnuto. V případech, kdy jsou poměry na staveništi stavebnímu úřadu dostatečně známé a všechny podklady spojené se stavebním povolením dobře zpracované, lze od místního šetření i ústního jednání upustit. V tomto případě určí úřad dobu k možnému uplatnění námitek.

Stavební řízení lze i přerušit. Pokud stavební úřad zjistí nějaké zásadní problémy a nedostatky v dodané dokumentaci, vyzve stavebníka, aby tyto nedostatky odstranil nebo doplnil potřebné údaje. Jak dlouho bude přerušení řízení trvat, záleží pouze na stavebníkovi. Pokud by problémy neodstranil, stavební úřad řízení zastaví.